El Clan Uchiha se encontró con el
Clan Senju del bosque y a su líder,
Hashirama Senju, el que luego sería conocido como Shodaime Hokage. Durante varios años ambos clanes combatieron entre ellos hasta que el clan Senju propuso una alianza que acabara con el conflicto de una vez. A pesar de que
Madara estaba en contra de esta alianza, el resto de los Uchiha querían acabar con ese conflicto, por lo que se vio obligado a aceptarla. Tras esto, los Uchiha fundarían junto al clan Senju la villa de Konoha.
Pese a ser aliados, Madara seguía pensando que eso solo acarrearía la destrucción del Clan Uchiha, pero el resto del clan seguía sin hacerle caso, y se alejaban cada vez más de su líder. La tensión aumentó aún más cuando Hashirama Senju fue elegido como primer Hokage y el clan Uchiha respaldó su posición dándole la espalda a Madara, a quien acusaban de ser un individuo con ansias de poder, al que no le importó asesinar a su propio hermano con tal de lograr lo que deseaba. Rechazado por los suyos, Madara decidió seguir la guerra el solo contra el resto de la villa. Esto culminaría en una batalla entre Uchiha Madara contra
Hashirama Senju al borde del
País del Fuego, en un lugar conocido posteriormente como el Valle del Fin, a partir de esa batalla. Tan sólo se sabe que fue una batalla tan intensa que transformó el valle en una cascada por la que fluye un río hasta el tiempo presente. La gente de Konoha, en honor a la batalla y a los combatientes, construyeron dos estatuas gigantes en torno a la cascada representándoles. Shodaime fue el ganador del combate, estableciéndose como líder de la aldea y primer Hokage. La gente de Konoha dio a Madara por muerto, y sin embargo, el Clan Uchiha siguió formando parte de la aldea Konoha con una gran influencia e importancia.
Recién Nacido Naruto, presumiblemente por las palabras de
Jiraiya, Madara utilizó su sharingan para controlar al Kyūbi quien salió del interior de su segundo jinchuriki quien era Kushina Uzumaki quien luego del parto de su hijo Naruto se debilitó su sello, y lo liberó en Konoha. Posteriormente, en su versión de los hechos, Madara dice claramente que fue un desastre natural, pero en capítulos posteriores de la serie Yondaime aparece en la mente de Naruto justo antes de que Naruto libere la novena cola, en este momento Yondaime cuenta que el día que el Kyūbi atacó la villa éste estaba siendo controlado por un shinobi de incalculable poder, el cual pertenecía a la organización Akatsuki, y que éste portaba una máscara.y El Bijū fue detenido por
Minato Namikaze, el cuarto Hokage que, a cambio de su propia vida, selló al monstruo en su hijo recién nacido. Gracias a la información que reveló a Naruto su madre, quedó confirmado que Madara fue el responsable de que el Kyübi se liberara de su sello , y de que esa persona era incluso capaz de usar técnicas de tiempo-espacio llegando a igualar el hiraishin de minato.
En realidad el plan de Madara para liberar al Kyubi de su anterior portador (la madre de Naruto) era hacerlo mientras estaba dando a luz a Naruto. Según la madre de Naruto, el sello que contiene al Zorro de Nueve Colas se debilita durante el parto, fue así como Madara pudo deshacerlo y liberar al Zorro.
En el momento en el que nace Naruto, Madara lo secuestra, por lo que el Cuarto Hokage deja desprotegida a la madre de Naruto por unos instantes. Madara regresa a Naruto a su padre y después lleva a la madre de Naruto a un lugar especial sobre una roca en un pequeño lago, donde libera al Zorro.
Después el Cuarto sella la mitad del chakra del Zorro en Naruto y junto con ese chakra también sella parte del suyo y parte del de su madre con la finalidad de que Naruto los viera algún día aunque fuera en su mente y que lo pudieran ayudar a controlarlo algún día.
Después de eso Madara desaparece con su técnica de tiempo-espacio desaparición.
Sasuke e Itachi tienen una relación tormentosa desde que Itachi se une a ANBU. El trabajo de ser espía en su propio clan para descubrir los planes que tienen para derrocar al Hokage, ponen a Itachi en una situación difícil. Los dos viejos consejeros del Hokage (los mismos que estudiaron con Sarutobi en la infancia) y Danzou son los que están detrás de esta misión peligrosa que le imponen al portador del Sharingan. Sasuke crece obsesionado con matar a su hermano Itachi por haber aniquilado al clan completo y vive en una completa confusión, ya que el fue el único sobreviviente y no termina de entender por qué por eso quiere obtener poder. Todo da un cambio total una vez que Tobi(Uchiha Madara) le explica a Sasuke, que lo único que hizo su hermano fue protegerlo y cumplir con las ordenes de los dos viejos y Danzou.
Sasuke se despierta vendado y aun débil en una guarida cavernosa, junto a él está Madara que con actitud amistosa respecto a su encuentro con Itachi se dispone a contarle la verdad de su hermano, al presentarse revela su sharingan, en ese instante el ojo izquierdo de Sasuke se transforma en el Mangekyō Sharingan de
Itachi y libera Amaterasu sobre el líder de Akatsuki, no obstante este sale indemne y ante la confusión de Sasuke, llega a la conclusión de que su hermano
Itachi le transfirió todo sus Dōjutsus con el fin de protegerlo. Tobi se presenta a sí mismo como Madara Uchiha y sostiene que sólo los consejeros de Konoha, Danzō y el fallecido Sarutobi conocen esta historia.
Remontándose 80 años atrás, cuenta la historia de la rivalidad entre los Senju liderados por Hashirama (1º Hokage) y los Uchiha, liderados por Madara, cuyo especial chakra y Mangekyō Sharingan eterno le valieron un gran poder y respeto, la lucha se prorrogó hasta la extenuación de ambos bandos y se pidió la paz, a pesar de que Madara se opuso, el clan Uchiha lo aceptó y se instituyó la aldea de Konoha, con el liderazgo de Hashirama. Madara temió que esto se volviera contra su clan y se enfrentó a Shodaime, pero incluso su propio clan lo acusó de codicioso e incluso le recriminó que le quitara los ojos a su hermano. Madara abandonó la aldea y se enfrentó a Shodaime, perdiendo el enfrentamiento y siendo dado por muerto. Nidaime (2º Hokage) les dio la potestad policial a los Uchiha para mantenerlos bajo vigilancia y con el tiempo algunos disidentes surgieron entre los Uchiha, con el ataque de Kyubi a la aldea, Danzō y los consejeros culparon a los Uchiha y los marginaron a pesar de que Sandaime (3º Hokage) se opuso. Los Uchiha planearon un golpe de estado sobre la aldea, pero Konoha infiltró a
Itachi Uchiha como espía entre los Uchiha.
Inicialmente Itachi era un espía de los Uchiha en ANBU comandado por el líder del clan Fugaku Uchiha, sin embargo
Itachi, que había vivido la Tercera Guerra Ninja con sólo 4 años y comprendía la inestabilidad que traería un Golpe de Estado, traicionó a su clan, convirtiéndose en un doble espía, cosa que culmina con la orden de asesinar a todo su clan para eliminar cualquier riesgo.
Itachi se dio cuenta de que Madara Uchiha seguía vivo, infiltrado en los ANBU y dispuesto a causar una guerra, le ofreció acabar con el clan con la condición de que abandonara sus pretensiones sobre Konoha, a pesar del intento de acuerdo de Sandaime, la orden fue ejecutada. Sin embargo
Itachi fue incapaz de matar a su propio hermano, amenazó a Danzō con descubrir el complot si Sasuke fuera dañado e hizo prometer a el 3º Hokage que no le contaría la verdad; así
Itachi empujó a su hermano a una vida de cólera y odio con el fin de hacerlo fuerte y morir a sus propias manos un día, para hacerle merecedor de un nuevo poder.
Tobi prosigue relatando que
Itachi no peleó en serio contra Sasuke, que lo llevó al límite para liberarlo del Sello Maldito y de Orochimaru, además de para despertar su propio Mangekyō Sharingan, aparte de esto, le contó una historia falsa sobre Madara, le otorgó Amaterasu para que no confiara en él y pudiera ser un héroe a los ojos de Konoha e incluso alargó su vida al saber que una enfermedad terminal estaba acabando con su vida. Sasuke, ya recuperado y ante una playa, recuerda los momentos felices que pasó junto a
Itachi, y comprendiendo entonces las últimas palabras de disculpa de su hermano, llora amargamente por su muerte. Proclama entonces ante el equipo Hebi y Tobi que su nombre como equipo desde ahora será Taka (halcón) y mientras muestra sus nuevos ojos proclama que su objetivo es la destrucción total de Konoha. Poco después, Sasuke aparece en unas ruinas en medio de la noche observando la luna y recordando como despertó su sharingan la noche de la muerte de todo su clan al intentar atacar a
Itachi, que lloraba al dejar la aldea. Tobi aparece para preguntarle si tomará los ojos de Itachi a lo que Sasuke responde negativamente, ya que planea librarse su propio camino.
Tobi le revela tras estos su identidad a Kisame Hoshigaki en último lugar, que lo reconoce como el ex-Mizukage y le ofrece su apoyo y confianza. Tras esto y ante el deseo de Sasuke Uchiha de acabar con los altos mandos de Konoha, Akatsuki y el Grupo Taka deciden unir fuerzas. Para ello, Tobi le ofrece un Bijū como refuerzo a Sasuke y su equipo, mientras Akatsuki se ocupa de Naruto Uzumaki, contenedor del Kyūbi. Poco después, Zetsu aparece y a solas, Tobi le confiesa que la muerte de
Itachi y la de todos los miembros anteriores han servido a sus propósitos, puesto que ya posee la lealtad de Sasuke y el camino despejado para atacar Konoha. Poco después Tobi aparece junto a Pain informándole de que dejó a Sasuke la captura del Ocho Colas y urgiendo al poseedor Rin'negan a que se encamine a Konoha.
Después de aquello, Sasuke entrega en una guarida al Ocho Colas complaciendo a Tobi que, al ver que las intenciones de Sasuke son curarse de sus heridas y después marchar a Konoha, recuerda cómo el Uchiha le confesó que quería acabar con toda la aldea por haber antepuesto la vida de
Itachi Uchiha a su propia seguridad. Finalmente es el encargado de transportar a la guarida de sellado al Ocho Colas, en la que ya sólo resta esperar a Pain, sin embargo al ser sellado solo por Kisame, Zetsu y él, termina siendo un tentáculo que usa como sustitución dejando en libertad a Killerbee.
2Posteriormente ante el aparente fallo de
Pain por capturar a
Naruto, Madara comienza a movilizarse nuevamente y se dirige ante
Sasuke (quien iba a atacar Konoha, de hecho estaba en camino a ella sin saber lo que había provocado Pain en la aldea) contándole que su objetivo ya es causa pérdida, puesto que su subordinado, Pain, destruyó
Konoha casi en su totalidad y le revela que tiene una oportunidad de vengarse de Danzou, uno de los que ordenó a Itachi cumplir sus caprichos, en la Reunión de los Kages ya que este fue nombrado Hokage de la Aldea ante los disturbios provocados por Pain y argumentando que deben terminar su último trabajo de parte de
Akatsuki ya que fallaron en capturar a Killerbee. Aunque la misión principal ya no es capturar a los
Bijuus,probablemente por el hecho de que Nagato murió. Pudo encontrar a Sasuke usando sus misteriosos poderes, y se movió instantáneamente con su técnica de tiempo-espacio.
En el capítulo 474 del manga vuelve hacer aparición: se enfrentará a Danzou, que dice que no lo había visto desde la masacre de los Uchiha, y a continuación empieza la nueva y gran esperada pelea donde Danzou dice tener cuidado de Madara ya que se desconoce la cantidad de técnicas que sabrá
Finalmente Zetsu explica la situación junto con Madara y conduce al Equipo Taka (conducido por Sasuke) al lugar donde se llevará a cabo la reunión de los cinco Kages, o al menos parte de esta lo lleva ya que la otra se queda conversando con Madara, y Madara le cuenta que no tendría mucho sentido hacer que Sasuke se hiciese más fuerte que Nagato sin que pudiese controlarlo, como teniendo en cuenta la posibilidad de que muriese su subordinado Pain, que Naruto se ha convertido en la llave principal de sus planes, que se cansó de "ser cauteloso" y que implementará el plan "Ojo de la Luna" lo cual revela que Madara aún tiene muchos misterios por desvelar.
3Al parecer Uchiha Madara se muestra ante Naruto en el capítulo 460 con la intención de mantener una conversación, a lo que le pregunta como logró cambiar las expectativas de Nagato. Naruto le responde con un rasengan que no logra afectarle. Aparecen Yamato y Kakashi inmovilizándolo, sin embargo éste se muestra indiferente y les hace ver que ninguno de sus ataques le afecta lo más mínimo. Madara les cuenta la verdad sobre Itachi, y menciona que tanto el primer Hokage y el, así como Naruto y Sasuke, estaban destinados a luchar el uno contra el otro, por la decisión que hizo el Rikkudou Sennin, el primer portador del Rinengan y creador del "ninjutsu moderno", al decidir que su hijo menor fuera su sucesor. El hijo menor, poseedor de la fuerza física del Sennin, es eclipsado por el hijo mayor, quien poseía los ojos del Sennin (Rinnengan). Con esto, da a entender que estas rivalidades vienen de generaciones anteriores. Luego, le dice a Naruto que Sasuke hace todo por voluntad propia porque el odio y la oscuridad se han transformado en su fuerza y motivación. Luego de esto, desaparece del lugar.
Apareció en la misma reunión salvando a
Sasuke del ataque del Tsuchikage,y en ese momento absorbe a Sasuke enviándolo a otra dimensión y así evitar que el Raikage acabe con él después les comenta a los 4 kages presentes el plan llamado ojo de luna,el cual consiste en fusionar a todos los bijus para así traer al juubi o el demonio de las 10 colas, Madara les cuenta a los kages que una vez existió un biju que tenía el poder definitivo, éste era la fusión de todos los bijus pero el Rikudou Sennin o sabio de los 6 caminos lo sello en sí mismo para salvar al mundo por eso se le conocía como un dios, Madara también les cuenta a los kages que el poder que poseía ridoku sennin era más allá de lo un humano normal pero en el lecho de muerte ridoku sennin dispersa el chakra del juubi en nueve partes los cuales se convirtieron en los actuales bijus por lo cual el plan de Akatsuki o plan del ojo de la luna de Madara es la fusión de los bijus para volver a traer al juubi a la vida y el mismo convertirse en el jinchuriki más poderoso, para así liberar un jutsu definitivo, el cual consiste en un Tsukuyomi infinito que se reflejara en la luna para así dispersarlo por todo el mundo para así madara apoderarse del mundo mediante el genjutsu, según él, para que no haya más conflictos en el mundo y haya paz ( su hermano uchiha izuna fue muerto debido a las guerras y al odio shinobi )aunque también dentro de sus planes está que con el poder de los bijuus recuperar su antiguo poder ya que a raíz de la pelea con el primer hokage recibió heridas tan graves que le quedaron de por vida y también por eso no posee el mismo poder que antes poseía cuando era considerado junto con el primero los mejores y más poderosos shinobis de la historia, pero al parecer gaara y los otros kages no entregaran los bijus que faltan o sea naruto con el kyuuby y killerbee con el hachibi, por lo cual Madara declara la 4ta Gran Guerra Ninja. Lo último que se le ha visto hacer ha sido saludar a Danzou comentándole que no se ven desde la masacre Uchiha, para después atacarle, pero resulta fallido ya que Fu y Torune protegen al Ex-Hokage, a lo que este responde a sus subordinados que lo cubran, ya que va a liberar el sello de su brazo, estos atacan a Madara sin obtener ningún resultado luego Madara los absorbe con su jutsu avanzado de kamui, ve a karin y sasuke este le dice que lo deje salir, a lo que Madara responde que le tiene un sorpresa al salir se ve el brazo de Danzou descubierto y lleno de sharingans y este dice que va a agregara un par nuevos a su colección.
Luego comienza la batalla de Sasuke vs Danzou la cual el observa con su sharingan, en la cual Sasuke gana. Terminada la batalla, Madara le dice a Sasuke que no vaya solo a Konoha ya que había usado al limite sus ojos y la luz de los mismos se estaba esfumando. Madara desaparece con el cuerpo de Danzou usando su tecnica de tiempo-espacio, luego se muestra el cuerpo de este en un lugar donde Madara tiene los ojos de muchos miembros del clan Uchiha. Madara extirpa el ojo sharingan de Shisui de Danzou, pero se queja en el mal estado en el que lo ha dejado este. Cuando Naruto va a enfrentarse a Sasuke, Zetsu avisa a este cuando se dispone a recolectar el Rinnengan para la guerra, pero al final tiene que ir a salvar a Sasuke del equipo siete, después de esto sasuke le dice a Madara que quiere inmediatamente los ojos de itachi, Madara escucha y lo lleva a su escondite donde se pueden ver muchos sharingans.
Más tarde, Kabuto aparece ante Madara proponiendo una alianza y utiliza un jutsu prohibido de
Orochimaru el cual aparece en Naruto, Edo Tensei, para revivir a los miembros de
Akatsuki fallecidos (Nagato, Kakuzu, Deidara, Sasori e Itachi). Al abrir un último cajón (hay varias posibilidades como el Sabio de los 6 Caminos, el hermano de Madara Uchiha), Madara observa su contenido y queda sorprendido. Kabuto lo amenaza con el contenido de el ataúd a cambio de que Madara le entregue a Sasuke. Madara acepta, con la condición de entregarlo después de la guerra. Kabuto acepta esa condición.
Más tarde, en el manga, Kushina Uzumaki, la madre de Naruto, le explica la historia del ataque del Kyuubi a la aldea y como Madara fue el protagonista de esta. También se ve como tuvo un pequeño enfrentamiento con el cuarto Hokage viéndose claramente el enorme poder que tenía el rayo amarillo de Konoha y siendo el único capaz de herir el cuerpo del que según Madara es un recipiente vacío, y que según Yondaime se trataba de un poderoso shinobi. En vista de que no poseía su verdadero poder, Madara no tuvo otra opción que huir del combate, en el cual se demostró que Madara era superior en velocidad al Yondaime, ya que, según Madara podía ver las marcas que dejaba éste al desplazarse, de manera que Yondaime no tenía otra opción más que usar el segundo nivel de hiraishin y evitar que Madara viera las marcas. Acto seguido, lanza su
kunai atrávesandole para así autoinvocarse cuando el Uchiha lo quiera absorber, e impactarle con un
Rasengan de tamaño medio en la espalda. Madara al darse cuenta de que en el mismo momento del impacto éste le había hecho perder el control sobre el Kyuubi, y que le había puesto un sello invertido para que no puediese evadir los ataques, se da a la fuga sin antes decirle a Minato que con el tiempo sus planes se cumplirían. Finalmente Madara desaparece de la escena con su brazo izquierdo sangrando después del impacto del rasengan y siendo el cuarto Hokage el ganador de la batalla. El único que hasta la fecha lo ha herido físicamente aparte de Shodaime Hokage (quien le hizo heridas tan graves que el propio Madara dice que ya no es lo que era antes de su batalla con este).
En un flashback que tiene
Kisame cuando está a punto de morir, se aclara que llamó a Madara Ex-Mizukage ya que controlaba a Yagura, contenedor del Sanbi y Cuarto Mizukage.
Más adelante, Madara se presenta a Konan en Amegakure para tomar los ojos de Nagato y hacerse con el Rin'negan ya que él dice que le pertenece porque quién se lo dió a Nagato fue él mismo. Konan se opone a él negándose a desvelar el lugar en el cual esconde el cuerpo porque según ella él es la oscuridad y además el Rin'negan es un tesoro de Amegakure. Ambos mantienen una intensa batalla, en la que Konan le destroza el brazo derecho y le rompe parte de la máscara. Además ella hace una técnica oculta debajo del mar con 600 millones de origamis explosivos con la que parece que va a acabar con Madara, afirmando que llevaba preparando este jutsu desde hace mucho. Usando Izanagi, Madara logra salir con vida de la segunda técnica secreta de Konan que consiste en una explosión continua de 10 minutos de sellos explosivos (según Konan, Madara sólo puede mantener su cuerpo intangible por cinco minutos; también tiene que volver su cuerpo sólido al momento de transferise él mismo o a otra persona en otra dimensión como intentó hacer con
Minato Namikaze o
Cuarto Hokage) . Luego, estando detrás de la Kunoichi, Madara la mata antes diciéndole que quería el poder de los seis caminos y que ya poseía dos de ellos, el camino de los Uchihas y el de los Senju (presumiéndose su victoria secreta contra Hashirama) lo que hace posible que se ejecute el
Izanagi perfecto a diferencia del kinjutsu de
Danzou que era imperfecto y que el tercer camino es el Rin'negan. Madara encuentra el lugar donde Konan escondió a Nagato al parecer controlando su mente y obligándola a decírselo (al parecer el Sharingan de Madara puede controlar a las personas como hizo con Yagura y ahora con Konan). Antes de tomar el Rin'negan menciona que Nagato es un Uzumaki. Después de la batalla aparece con
Kabuto Yakushi, entonces
Zetsu dice que llegó la información de Kisame y con una nueva máscara (con forma de
sharingan y Rinnegan, Semejante al ojo del
juubi). Más tarde menciona que va a ir tras el
kyuubi o
Naruto Uzumaki.
Después de pensarlo,
Madara decidió enseñarle a
Kabuto la cueva en la que estaba Gedo Mazo, la estatua que usan en la extracción de los
Bijuu; una réplica de el primer Hokage, creada a partir de las células que le extrajo en su pelea contra él, y el dato más relevante: un ejército de 100.000
Zetsu (parte blanca), que usará en la 4ºGuerra Ninja. Después de ello,
Kabuto revive a
Deidara y van a por el
Kyuubi. Luego de la pelea de Kabuto contra los ninjas de Konoha y los del Tsuchikage y atrapar a Yamato, regresa con él a la cueva de Madara diciéndole que con la ayuda de Yamato puede crear mas
Zetsu y conseguir mucha más información del Kyuubi. El capítulo termina con la réplica de Madara: Entonces a trabajar, Mi ojo izquierdo (Rinnegan) Esta sediento de Batalla. En el siguiente capítulo se le ve marchar junto con Kabuto y los Zetsu a la cuarta guerra ninja. Luego de un Feroz encuentro entre la alianza ninja y akatsuki Madara aparece en el
campo de batalla y convoca a la estatua de Gedo Mazo la cual causa un gran daño a las fuerzas de la alianza. Madara se aprovecha de la distraccion y recupera los Tesoros de el Ridoku, los cuales tenian sellados a los hermanos Gin y Kin. Madara quiere al Juubi para proyectar su tsukuyomi infinito(mangekyo sharingan)sobre la luna y controlar así todo el mundo, de ese modo él acabará con la guerra en el mundo, pero necesita reunir los 9 bijuus para formar el 10 colas; es un plan complicado, pero se puede llevar a cabo, actualmente tiene 7 bijuus retenidos, va detrás del 8 colas y el 9 colas.
Luego mas a delante en el capitulo 544 después de que el raikage dejo pasar a naruto se ve el sol saliente en la cual aparece madara dicendo "esta larga noche esta por acabar... y deberian ya haberse acostumbrado a sus ojos" en la cual aparece con los 6 Jinchūriki´s, Yugito Nii,Yagura, Rōshi, Han,Utakata y Fuu poseyendo rinnegan y sharingan para la pelea contra naruto uzumaki.
